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Emmanuelle Rohrbach

Nationalité: Suisse

EPFL ENAC IIE-GE
GR B0 420 (Bâtiment GR)
Station 2
1015 Lausanne

Expertise

Biologie moléculaire
PCR, dosage,electrophorèse
Séquençage Sanger (ABI 3130xl),
Préparation 16S Ribosomal RNA Gene Amplicons for the Illumina MiSeq System
Préparation de librairie Métagenomic, métatranscriptomic
Clonage
Extraction ARN/ADN (robot maxwell Promega, QIAcube, )
qPCR (Rotor Gene, MicPCR Bio Molecular Systems, Myra Robot, Magnetapure-96)
Ecotoxicologie
 Maintien des élevages d’organismes pour la réalisation de tests écotoxicologiques sur le sol et les sédiments
 Participation, appui technique à l'exécution d'analyses écotoxicologiques sur des échantillons de sol et de sédiments (y compris le développement de biomarqueurs moléculaires).
 Participation, appui technique aux travaux d’échantillonnage sur le terrain

microbiologie
Fermentation
Biochimie (purification des protéines)
Formation des apprentis (avec certificat de maître d'apprentissage depuis 2006, expert au examen CFC en biologie)

Formation

Laborantine en biologie

| spécialité biologie moléculaire, Biochimie

1990 – 1993 Glaxo-Wellcome, Geneve
Dirigée par Maitre d'apprentissage B.Allet

Diplome de Culture Generale

| option santé

1988 – 1990 Ecole Henry-Dunant Geneve
Dirigée par Ecole secondaire

Expériences professionnelles

Technicienne R & D

Purification d’hormones à grande échelle - travail aux normes GMP, GLP, gestion des stocks, rédaction de procédure (SOP), validation virale à l’institut Pasteur de Paris, préparation aux audits FDA 

Technicienne en Biologie

Pierre GRABER
Biochimie : purification de protéines, purification d’anticorps, FPLC, test LPS, modification chimique de protéines (biotinylation), préparation d’échantillon à partir de gels 2D pour spectrométrie de masse.
Immunologie : tests immunologiques (western blots, ELISA, immuno-précipitation), test d’activité bilogique (FACScan, tests de binding), préparation et marquages cellulaires à l’aide d’anticorps ou de liposomes fluorescents.
Biologie moléculaire : préparation de sonde radio active, construction et utilisation de vecteur d’expression.
Biologie cellulaire :  culture de cellules mammifères (baculovirus), test de prolifération.

Technicienne II

Dr E. IZZAURALDE
Biologie moléculaire : traduction in vitro, mini et maxi-prep, extraction du RNA au biophénol, clonage, sondes radioactives (P32), extraction de fragments.
Biochimie : colonne d’affinité (glutathion agarose, Ni NTA superflow, résine amylose, préparation de lysat de cellule 

Technicienne en Biologie

Dr C. HOLLIGER
Responsable de l’organisation du laboratoire, gestion des commandes, maintenance des appareils, transmission des connaissances. 
Maître d’apprentissage de 3 apprentis par ans.
Analyses biochimiques et génétiques sur culture de bactéries anaérobies isolées d’aquifères.
Identification par des moyens génétiques (16s Ribosomal RNA Gene Amplicon for Illumina MiSeq System, Metratranscritomic-TruSeq Stranded mRNA) des populations bactériennes dans des digesteurs aérobies et boue granulaire de station d’épuration. 
Préparatrice et assistantes aux travaux pratiques des étudiants de l’EPFL.
Experte aux examens pratiques de CFC laborantin option biologie.
Culture de bactéries anaérobies (Sulfurospirillum, Dehalococoides), préparation de milieu classique et spécifique, microscopie, travail sous flux laminaire, marquage de bactéries par fluorescence (FISH, DAPI). 
Maintenance de bio réacteur, digesteur anaérobie, digesteur à boue granulaire. Electrophorèse en condition native et anaérobie, SDS Page, Western Blot, test d’activité isocitrate dehydrogenase (ICDH), fractionnement membranaire préparation de protoplasme, gaz Chromatographie, dosage des chlores libre par Chloro-counter 

Technicienne de laboratoire

Benoît J.D. Ferrari
Responsable de l’organisation du laboratoire sol et sédiments 
Maintien des élevages sol : Enchytraeus Albidus, Enchytraeus crypticus, Folsomia candida & fimataria 
Maintien des élevages sédiment : Hyalella Azteca, Chironomus riparius, Tubifex.
Réalise les tests écotoxicologiques correspondants, aide à l’échantillonnage sur le terrain
Contribue au développement de biomarqueurs moléculaires (extraction ADN, ARN, PCR, séquençage Sanger, metatranscriptomique, librairies 16S RNA Gene Amplicon pour le système Illumina MiSeq, clonage)
Responsable sécurité du laboratoire (COSEC Correspondants Sécurité)

Publications représentatives

Reductive dechlorination of tetrachloroethene by a stepwise catalysis of different organohalide respiring bacteria and reductive dehalogenases

J. Maillard, M.-P. Charnay, C. Regeard, E. Rohrbach-Brandt, K. Rouzeau-Szynalski, P. Rossi and C. Holliger.
Published in in Biodegradation, vol. 22, num. 5, p. 949-960, 2011. in

Performance and microbial community composition dynamics of aerobic granular sludge from sequencing batch bubble column reactors operated at 20, 30, and 35

S. Ebrahimi, S. Gabus, E. Rohrbach-Brandt, M. Hosseini, P. Rossi, J. Maillard and C. Holliger
Published in in Applied Microbiology and Biotechnology, vol. 87, p. 1555-1568, 2010. in

Statistical assessment of the variability of the T-RFLP analysis applied to complex microbial communities.

P. Rossi, F. Gillet, E. Rohrbach and C. Holliger
Published in Applied and Environmental Microbiology, vol. 75, num. 22, p. 7268-7270, 2009. in 2009

TAP binds to the constitutive transport element (CTE) through a novel NA-binding motif that is sufficient to promote CTE-dependent RNA export from the nucleus

I. C. Braun, E. Rohrbach, C. Schmitt, Elisa Izaurralde.
Published in EMBO J . 1999 Apr 1;18(7):1953-65. doi: 10.1093/emboj/18.7.1953. in 1999

A bacterial signal peptide directs efficient secretion of Eucaryotic proteins in the Baculovirus

B. Allet, A. R. Bernard, A. Hochmann, E. Brandt- Rohrbach, p. Graber, E. Magnenat, G. Mazzei, L. Bernasconi
Published in Protein Expression and Purification 9, 61-68 (1997) in 1997

Environment rather than breed or body site shapes the skin bacterial community of healthy sheep as revealed by metabarcoding

S. M. Jost; L. Cardona; E. Rohrbach; A. Mathis; C. Holliger
Published in Veterinary Dermatology. 2023. DOI : 10.1111/vde.13223. in 2023

Seasonal and spatial variability of antibiotic resistance genes and Class I integrons in the rivers of the Mekong delta, Vietnam

Thi Thu Hang Pham, Khoa Dinh Hoang Dang, Emmanuelle Rohrbach, Florian Breider, Pierre Rossi
Published in https://doi.org/10.1101/2021.11.25.469999 in 2021

Temporal evolution of bacterial communities associated with the in-situ wetland-based remediation of a marine shore porphyry copper tailings deposit.

N. Diaby, B. Dold, E. Rohrbach, C. Holliger and P. Rossi
Published in Science of the Total Environment, vol. 533, p. 110–121, 2015. in 2015

Use of silicate minerals for long-term pH control during reductive dechlorination of high tetrachloroethene concentrations in continuous flow-through columns

E. Lacroix, A. Brovelli, J. Maillard, E. Rohrbach-Brandt, D. A. Barry and C. Holliger
Published in Science of the Total Environment, vol. 482-483, p. 23-35, 2014. in 2014

Diversity of cobalamin riboswitches in the corrinoid-producing organohalide respirer Desulfitobacterium hafniense.

P. K. Choudhary, A. Duret, E. Rohrbach-Brandt, C. Holliger, R. K. O. Sigel and J. Maillard
Published in Journal of bacteriology, vol. 195 (22), p. 5186-5195, 2013. in 2013

An unusual tandem-domain rhodanese harbouring two active sites identified in Desulfitobacterium hafniense

L. Prat, J. Maillard, E. Rohrbach-Brandt and C. Holliger
Published in Febs Journal, vol. 279, p. 2754-2767, 2012. in 2012