Ljubisa Miskovic a obtenu son doctorat en automatique à l’EPFL en 2006, sous la codirection de Dominique Bonvin et d’Alireza Karimi. Il a ensuite mené des recherches postdoctorales en ingénierie des systèmes et en théorie de la commande à l’Université catholique de Louvain, auprès de Michel Gevers, avant de rejoindre le Laboratoire de biotechnologie computationnelle des systèmes de Vassily Hatzimanikatis à l’EPFL. Il est devenu collaborateur scientifique à l’EPFL en 2010, puis a été nommé maître d’enseignement et de recherche (MER-R) en 2025.

Ses recherches se situent à l’interface de la biologie computationnelle des systèmes, de la théorie de la commande et de l’apprentissage automatique. Il développe des méthodes computationnelles pour modéliser, analyser et concevoir des réseaux métaboliques, avec des applications dans les domaines de la biotechnologie et de la santé. Ses travaux actuels portent notamment sur la modélisation dynamique à grande échelle du métabolisme, les approches d’apprentissage automatique génératif, l’ingénierie métabolique et la biologie de synthèse.