Régis Vivien
Domaines de compétences
Systématique classique (oligochètes aquatiques)
Ecologie aquatique
Systématique moléculaire
Ecotoxicologie des sédiments
Ecologie aquatique
Systématique moléculaire
Ecotoxicologie des sédiments
Mission
Réalisation de projets de recherche dans les domaines de la systématique, écologie et écotoxicologie:- Application, validation et développement de méthodes biologiques basées sur l’étude des communautés d’oligochètes pour l'évaluation de la qualité des sédiments des cours d'eau et des lacs (sédiment fins/sableux ; sédiments grossiers/milieu hyporhéique)
- Développement d’indices oligochètes basés sur l'identification des espèces à l’aide de code-barres génétiques (séquençage à haut débit de spécimens marqués génétiquement, DNA metabarcoding)
- Création d’une base de données de référence de code-barres génétiques (COI, 16S) des espèces d’oligochètes aquatiques (spécimens collectés en Suisse)
- Etablissement de seuils d’effets in situ de polluants dans les sédiments (métaux, PCB et PAH) sur la base de l’étude des communautés d’oligochètes
- Développement d’un indice chironomidés génétique pour les lacs (séquençage à haut débit de spécimens marqués génétiquement)
- Accessoire : redescription d’espèces d’oligochètes, inventaire des oligochètes aquatiques en Suisse (sédiments de surface, milieu hyporhéique, eaux souterraines)
Formation
Licence en biologie
-
Université de Genève
2000-2004
Master universitaire en sciences naturelles de l'environnement
-
Université de Genève
2006-2009
Publications
Autres publications
Publications choisies
Martin, P., Knüsel, M., Alther, R., Altermatt, F., Ferrari, B., Vivien, R. (2023) Haplotaxis gordioides (Hartmann in Oken, 1819) (Annelida, Clitellata) as a sub-cosmopolitan species: a commonly held view challenged by DNA barcoding. Zoosymposia 23. doi: 10.11646/zoosymposia.23.1.10Tixier, G., Rochfort, Q., Grapentine, L., Marsalek, J., Lafont, M., Vivien, R. (2023) Toxicity of sediments in eight urban stormwater management ponds: bioassessment by oligochaete community metrics used in the sediment quality triad. Water Science & Technology 87, 1112.
Pawlowski, J., Bruce, K., Panksep, K., Aguirre, F.I., Amafitano, S., Apothéloz-Perret-Gentil, L., … Fazi, S. (2022) Environmental DNA metabarcoding for benthic monitoring: A review of sediment sampling and DNA extraction methods. Science of the Total Environment 818, 151783.
Vivien, R., Jézéquel, C., Lafont, M. (2021) Evaluation des effets de l’augmentation des débits réservés à l’aval de deux barrages du Haut-Rhône français à l’aide de l’examen des communautés d’oligochètes. Bulletin de la Société Vaudoise des Sciences Naturelles 100, 103-117.
Rimet, F., Aylagas, E., Borja, A., Bouchez, A., Canino, A., Chauvin, C., … Ekrem, T. (2021) Metadata standards and practical guidelines for specimen and DNA curation when building barcode reference libraries for aquatic life. Metabarcoding and Metagenomics 5, 17-33.
Vivien, R., Lafont, M., Lods-Crozet, B., Holzmann, M., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Guigoz, Y., Ferrari, B. J. D. (2020). The foreign oligochaete species Quistadrilus multisetosus (Smith, 1900) in Lake Geneva: morphological and molecular characterization and environmental influences on its distribution. Biology 9, 436.
Vivien, R., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2020) Assessment of abundance and community composition of benthic macroinvertebrates: recommendations for improved sampling, fixation and extraction of oligochaetes. Archives des Sciences 71, 37-44.
Beauvais, R., Vivien, R., Ferrari, B.J.D., Casado-Martinez, C. (2020) Etat des sédiments de canaux artificiels : Des pollutions de source urbaine, industrielle et agricole affectent les organismes benthiques. Aqua & Gas 100, 11, 72-81.
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2020) High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports 10, 2041.
Vivien, R., Casado-Martinez, C., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2020) Effect thresholds of metals in stream sediments based on in situ oligochaete communities. Environments 7, 31.
Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2019) Testing different (e)DNA metabarcoding approaches to assess aquatic oligochaete diversity and the biological quality of sediments. Ecological Indicators 106, 105453.
Vivien, R., Lafont, M., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2019) Assessment of the effects of wastewater treatment plant effluents on receiving streams using oligochaete communities of the porous matrix. Knowledge and Management of Aquatic Ecosystems 420, 18.
Pesce, S., et al. (2019) Recommandations d’un collectif franco-suisse d’experts pour une meilleure évaluation de la qualité écotoxicologique des sédiments par l’étude des communautés benthiques. Sciences Eaux & Territoires 55, 2-9.
Vivien, R., Werner, I., Ferrari, B.J.D. (2018) Simultaneous preservation of the DNA quality, the community composition and the density of aquatic oligochaetes for the development of genetically based biological indices. PeerJ 6:e6050.
Lefrançois, E., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Blancher, P., Botreau, S., Chardon, C., Crepin, L., Cordier, T., Cordonier, A., Domaizon, I., Ferrari, B.J.D., Guéguen, J., Hustache, J.-C., Jacas, L., Jacquet, S., Lacroix, S., Mazenq, A.-L., Pawlowska, A., Perney, P., Pawlowski, J., Rimet, F., Rubin, J.-F., Trevisan, D., Vivien, R., Bouchez, A. (2018) Development and implementation of eco-genomic tools for aquatic ecosystem biomonitoring: the SYNAQUA French-Swiss program. Environmental Science and Pollution Research 25, 33858-33866.
Vivien, R., Holzmann, M., Werner, I., Pawlowski, J., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2017) Cytochrome c oxidase barcodes for aquatic oligochaete identification: development of a Swiss reference database. PeerJ 5:e4122.
Vivien, R., Ferrari, B.J.D., Pawlowski, J. (2016) DNA barcoding of formalin fixed oligochaetes for biomonitoring. BMC Research Notes 9, 342.
Vivien, R., Lejzerowicz, F., Pawlowski, J. (2016) Next-generation sequencing of aquatic oligochaetes: comparison of experimental communities. PLoS ONE 11(2):e0148644.
Vivien, R., Lafont, M., Ferrari, B.J.D. (2015) Utilisation des communautés d’oligochètes pour l’évaluation de la qualité biologique et du fonctionnement des cours d’eau : un bilan à partir de données genevoises (Suisse). Archives des Sciences 68, 105-113.
Vivien, R., Lafont, M. (2015) Note faunistique sur les oligochètes aquatiques de la région genevoise et de Suisse. Revue suisse de Zoologie 122, 207-212.
Vivien, R., Wyler, S., Lafont, M., Pawlowski, J. (2015) Molecular barcoding of aquatic oligochaetes: implications for biomonitoring, PLoS ONE 10(4):e0125485.
Vivien, R., Tixier, G., Lafont, M. (2014) Use of oligochaete communities for assessing the quality of sediments in watercourses of the Geneva area and Artois-Picardie basin (France): proposition of heavy metal toxicity thresholds. Ecohydrology & Hydrobiology 14, 142-151.
Vivien, R. (2013) Note sur la diversité des oligochètes aquatiques dans la région genevoise (Suisse). Revue suisse de Zoologie 120, 415-420.
Vivien, R., Lafont, M. (2013) Diversité des oligochètes aquatiques dans la région genevoise (Suisse). Revue suisse de Zoologie 120, 161-173.
Vivien, R. (2012) Cinclidotus P. Beauv. (Cinclidotaceae, Bryophyta) dans les cours d’eau du canton de Genève : répartition et écologie. Saussurea 42, 127-143.
Vivien, R., Lafont, M., Perfetta, J. (2011) Proposition d’un seuil de toxicité des métaux lourds des sédiments mis en évidence par les vers oligochètes dans quelques cours d’eau. Bulletin de la Société Vaudoise des Sciences Naturelles 92, 153-164.